簡單來說，就是從乳房抽取組織樣本後，醫生用顯微鏡察看該組織屬良性還是惡性。
檢查乳房囊腫的首選是乳房超聲波，於超聲波下，醫生會發現圓形或橢圓形的水泡，這水泡與旁邊組織有明顯的邊界。
乳房囊腫可能只有一顆，也可能雙側乳房各長了好多顆，而囊腫裡面含的水量是會變動的，有時水比較多的時候，囊腫就變得比較大，有時水量太少就消失不見。醫生在檢查時，會分辨這些囊腫是單純性囊腫，還是複合性囊腫。
複合性囊腫代表囊腫裡不只含有水分，還有實質的組織成分！這時為了要確保裡面沒有癌細胞存在，常常需要靠著超音波與細針抽吸，來抽取裡面成分，在局部麻醉後，靠著超聲波的指引，用細針抽取囊腫裡面的液體，確認其顏色、成分。
如果經過超聲波或是細針抽吸，確定是普通單純性的乳房囊腫的話，一般來說並不需要治療。除非這個囊腫真的很大，已經到4-5cm以上，或是患者一直因為乳房囊腫而有乳房疼痛的情形，或是醫生懷疑這顆並非單純囊腫，才會考慮用手術切除。通常醫生也極少以藥物治療乳房囊腫。
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